Начало его существования связано с Даниловым монастырем, основанным первым московским князем Даниилом не позднее 1282 г. за Москвой-рекой. В 1300 г. великий князь Иван Калита перевел Данилов монастырь за Боровицкий холм в Кремль, где им была сооружена Спасо-Преображенская церковь. Так был основан новый Спасский монастырь. При этом старый Данилов монастырь, порученный управлению архимандрита нового монастыря, постепенно опустел до своего возобновления при царе Иване Васильевиче Грозном в 1560 г. (см. Свято-Данилов монастырь).

В нашествие Тохтамыша в 1382 г. Спасский монастырь был опустошен пожаром, при великом князе Дмитрии Донском — возобновлен.

В 1490 г. великим князем Иваном Васильевичем этот монастырь был перенесен из Кремля на гору Крутицу, где он находится и сейчас. Для него были построены деревянные здания и ограда. С этого времени монастырь стал зваться Спас Новый или Новоспасский. С конца XV в. он был родовой усыпальницей знаменитых бояр. В конце XVII и в XVIII вв. на территории монастыря размещались богадельня и инвалидный дом.

Главный храм монастыря — Спасо-Преображенский (перестроен в 1645 г. царем Михаилом и богато украшен Алексеем Михайловичем). В нем хранится икона Нерукотворного Спаса, прославившаяся чудесами в Вятке в 1645 г., откуда она была перенесена в Москву.

К 1917 г. в монастыре было 5 храмов, все они были закрыты в 1924-26 гг.

В настоящее время монастырь возвращен Русской Православной Церкви.