Первый по времени основания монастырь в Москве. Основан не позднее 1282 г. святым Даниилом, князем московским, сыном великого князя Александра Невского. Уже при жизни князя-основателя монастырь был разграблен и сожжен воинами хана Дюденя в 1293 г., однако вскоре был восстановлен. С 1300 г., после перевода монастыря великим князем Иваном Калитой в Кремль и устроения нового Спасского монастыря (см. Новоспасский монастырь), старый Данилов монастырь постепенно пришел в запустение до своего возобновления в 1560 г. царем Иваном Грозным. Во времена правления Ивана Грозного территория монастыря была обнесена мощными каменными стенами с боевыми башнями. В это же время был построен и каменный двухъярусный храм Семи Вселенских Соборов. В 1572 г. отряды крымского хана Казы-Гирея, подошедшие к Москве, были обстреляны из пушек Данилова монастыря. Во время польско-литовской интервенции монастырь пострадал от обстрела его стен полками воеводы Гонсевского. В Отечественную войну 1812 г. монастырь был разграблен и многие постройки сожжены.

На протяжении XVII–XIX вв. Данилов монастырь продолжал отстраиваться. По проекту архитектора Бове был возведен величественный собор Живоначальной Троицы.

В 1929 г. монастырь был закрыт. В 1983 г. Данилов монастырь был передан Московской Патриархии. К 1988 г. он был восстановлен. Здесь находится резиденция Патриарха Русской Православной Церкви, размещена Синодальная библиотека.

В Свято-Даниловом монастыре покоятся мощи основателя монастыря — святого князя Даниила Московского.