Один из самых древних соборов в Новгороде. «Где Святая София — там и Новгород», — говорили в старину новгородцы. Храм стал символом города, и даже в бой новгородские ратники ходили с кличем: «За Святую Софию!».

Построен храм был в 995 г., посвящен Софии — Премудрости Божией, то есть Самому Христу Спасителю, именуемому в Священном Писании «Премудростию Божией». Первоначально Софийский собор был деревянным. В 1045 г. храм сгорел. И «в лето 6553 (1045) заложи великий князь Владимир Ярославич в Великом Новограде церковь каменную Святой Софии при втором епископе Луке, и делали ю (ее) семь лет, и устроиша вельми прекрасну и велику, приведоша иконных писцов из Царя-града и начаша подписывати...». Строительство собора завершилось в 1050 г. Пять мощных куполов Софии Новгородской были подняты над монолитным кубическим храмовым зданием. В XI в. Святая София возвышалась громадой розовой плинфы (плоский кирпич) над невысокими деревянными палатами. Фасад украшали бронзовые врата немецкой работы, попавшие в Новгород в 1187 г. как трофей. Изнутри собор был расписан фресками.

Софийский собор имел, помимо богослужебного, еще и общественное значение: в нем размещались городская казна, библиотека, архив, образцы мер и весов, а на площади перед храмом собиралось вече.

В течение восьми веков София Новгородская несколько раз горела, терпела разрушения и перестраивалась. Лишь в 1900 г. в результате реставрации были открыты фрески XI в. и восстановлен первоначальный вид храма. Во время Великой Отечественной войны (1941–1945 гг.) храм пострадал от артиллерийского обстрела и был разграблен немцами. В послевоенное время его с любовью и старанием отреставрировали, но многие драгоценные фрески погибли безвозвратно. До нашего времени дошли лишь немногочисленные фрагменты.