В 1771 году потрясения Данилову монастырю принес «Чумной бунт». В обители действовал «карантинный дом», который разгромили бунтовщики. Среди насельников болезнь пощадила только одного настоятеля. Новая беда постигла обитель в 1812 году. Перед приближением Наполеона монастырская ризница была предусмотрительно отправлена в Вологду. В сентябре 1812 года в монастырь неоднократно врывались войска неприятеля, требуя продовольствия и сокровищ. Один из расквартированных вражеских офицеров заранее предупредил священников, чтобы спрятали все вещи с престолов, так как ожидалось прибытие конного отряда мародеров. Прибывшие 80 кавалеристов обшарили все помещения, примеряли церковные облачения, но видя, что они не подходят, бросали их. Грабители ободрали украшения с раки с мощами князя Даниила.

В XIX веке монастырь прославился богоугодными делами. С 1805 года при монастыре была богадельня для престарелых, а с 1862 года – для престарелых священнослужителей и их вдов. Во время русско-турецкой войны 1877 – 1878 годов был открыт госпиталь для раненых и заболевших холерой солдат. Известностью пользовалась церковно-приходская школа монастыря. Москвичи любили мелодичный звон монастырской колокольни (сохранилась нотная запись звона, сделанная известным исследователем русской колокольной музыки К. Сараджевым). Среди колоколов были старинные, отлитые и подаренные царем Феодором Алексеевичем в 1682 году.

Данилов монастырь в XIX столетии называли «ковчегом, хранящим умственную святыню Русской земли». Монастырский некрополь стал местом упокоения многих выдающихся деятелей России. До революции здесь были похоронены Ф. Л. Морошкин, князь В. А. Черкасский, Ю. И. Венелин, М. А. Дмитриев, Н. С. Тихонравов, Н. В. Гоголь, Н. М. Языков, А. С. Хомяков, Ю. Ф. Самарин, Н. Г. Рубинштейн.