С именем и правлением митрополита Ионы связано начало автокефалии (самостоятельного управления) Русской Православной Церкви. 15 декабря 1448 г. русскими иерархами в Успенском соборе Московского Кремля епископ Рязанский и Муромский Иона был возведен на Митрополичий престол — стол митрополита Московского и всея Руси.

Митрополит Иона был поставлен Собором русских епископов во главе Русской Православной Церкви, потому что Константинопольский патриарх Григорий (Мамма), принял унию с Римом (подчинение папе римскому). Кончина святителя Ионы последовала в 1461 г. При гробе святителя стали совершаться многочисленные исцеления больных. В 1472 г. мощи митрополита были обретены нетленными и положены в Успенском соборе Московского Кремля, где они находятся и до настоящего времени.

Память митрополиту Ионе празднуется Церковью 15/28 июня.