Замысел основания монастыря на месте, где князь Александр Ярославич Невский одержал блестящую победу над шведами, относится к 1704 г. В феврале 1712 г. Петр I специальным указом распорядился «на реке Неве поставить монастырь во имя святого Александра Невского». В марте 1713 г. было закончено сооружение первой деревянной церкви во имя Благовещения. От этой даты начинается официальное летосчисление обители. В 1824 г. в монастырь с большой торжественностью были перенесены мощи святого Александра Невского.
В период правления Екатерины I и Анны Иоанновны строительство монастыря успешно продолжалось. Главной заботой было возведение Троицкой соборной церкви. Но строительство собора завершилось лишь при Екатерине II. Собор был освящен в 1791 г. За этот период была построена большая часть зданий монастыря. В формировании архитектурного ансамбля обители участвовали выдающиеся архитекторы: Б.–К. Растрелли, М.Г. Земцов, Д.–А. Трезини и др.
В 1879 г. именным указом императора монастырь был переименован в лавру.
В 1917 г. лавра была закрыта. С 1939 г. на части территории лавры размещался Музей городской скульптуры.
В настоящее время лавра состоит под ведением митрополита Петербургского и Ладожского, носящего звание священноархимандрита. В обители помещаются Петербургская духовная академия и семинария.
Особенностью монастыря является три некрополя: старый Лазаревский, Тихвинский и Никольский, в которых покоятся М.В. Ломоносов, И.А. Крылов, Д.И. Фонвизин, И.А. Крылов, Н.М. Карамзин, Ф.М. Достоевский, М.И. Глинка, П.И. Чайковский и другие выдающиеся люди России.