Славяно-греко-латинская академия, основанная в 1685 году по благословению Патриарха Иоакима греческими братьями Иоакимом и Софронием Лихудами Братья Иоаким и Софроний Лихуды и первоначально именовавшаяся греческими, или Спасскими, школами, унаследовала лучшие церковно-богословские традиции Православия. Братья Лихуды, доктора Коттонианской Академии в Падуе, проповедники и мыслители, обладавшие энциклопедическими знаниями, приложили все силы к организации первого на Руси высшего духовного учебного заведения. Сразу же после их приезда, в 1685 году, начались занятия в древнем московском Богоявленском монастыре. В следующем году братья Лихуды со своими учениками переместились в новое, специально построенное для Академии здание в монастыре Всемилостивого Спаса, известного под названием Заиконоспасского Заиконоспасский монастырь, по месту его нахождения «за иконным рядом». Уже первые выпускники Академии внесли значительный вклад в отечественное духовное просвещение своими переводами и самостоятельными богословскими трудами.
Начало XVIII столетия – время петровских реформ – ознаменовало новый этап в жизни Академии: расширилась научно-богословская деятельность, возросло число наставников и учащихся, началось преподавание латинского языка, увеличилась библиотека. Подъему Духовной школы содействовал выдающийся иерарх того времени — митрополит Рязанский Стефан (Яворский) Стефан Яворский, митрополит Рязанский и Муромский. Большого расцвета Московская Духовная академия достигла при митрополите Платоне (Левшине) Платон (Левшин), митрополит Московский и Коломенский. Закладываются основы русской церковно-исторической науки, в Академии начинается преподавание на русском языке, ограничивается влияние западноевропейской схоластики и латыни. Особое внимание уделяется изучению Церковного Устава (Типикона), вводится ряд новых предметов: церковная и гражданская история, история философии, физика, медицина, — придавших академическому курсу полноту и многосторонность.
К концу XVIII века Славяно-греко-латинская академия пришла со значительными результатами. Ее выпускники – видные иерархи, клирики, блестящие проповедники и церковные писатели, историки, поэты, переводчики. Среди питомцев Духовной школы – литератор Антиох Кантемир, великий русский ученый-энциклопедист Михаил Ломоносов Портрет М. В. Ломоносова. Неизвестный художник, математик Лаврентий Магницкий и многие другие выдающиеся деятели российского просвещения.
В результате реформы церковного образования в начале XIX века были созданы предпосылки для дальнейшего совершенствования академической науки, раскрылись широкие горизонты. Изменилось и местонахождение Московской Духовной академии: решением Святейшего Синода, по ходатайству архиепископа Московского и Коломенского Августина (Виноградского), Академия была переведена из Москвы, где принадлежавшие ей помещения значительно пострадали во время пожара 1812 года, в Свято-Троицкую Сергиеву лавру, где находится и по сей день. Местопребывание Московской Духовной академии в стенах обители, основанной преподобным Сергием Радонежским, способствовало духовному углублению и совершенствованию академической науки. Этому также содействовало водительство митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова). Икона митрополита Филарета С 20-х по 60-е гг. XIX в. он всемерно способствовал развитию богословской мысли в Академии. В этот период сложилась школа исследователей русской церковной истории во главе с ректором Академии архимандритом Филаретом (Гумилевским) (1835 — 1841) и профессором протоиереем Александром Васильевичем Горским (1833 — 1875). Годы ректорства последнего (1862 — 1875) считаются золотым временем Московской Духовной академии.
После 1917 года академия была закрыта. Занятия возобновлены в 1946 г. в Новодевичьем монастыре в Москве, а затем, с 1947 г., снова в Троице-Сергиевой лавре.