Монастырь был основан в конце 20-30-х гг. XV в. монахами Кирилло-Белозерского монастыря Зосимой и Савватием на Соловецком острове в Белом море. В XV — XVI вв. Соловецкий монастырь быстро увеличил свои земельные владения, которые располагались по берегам Белого моря и впадающих в него рек, развил промысловую и торговую деятельность, став экономическим и политическим центром Беломорского края. Архимандриты монастыря назначались непосредственно царём и патриархом. С 1765 Соловецкий монастырь стал ставропигиальным. Ведущую роль в хозяйстве монастыря играли соляной, зверобойный, рыбный, слюдяной, железный, жемчужный и др. промыслы. В 50-60-е гг. XVII в. Соловецкий монастырь являлся одним из оплотов раскола. После революции 1917 здесь располагался крупнейший концентрационный лагерь особого назначения.