В 1648-1664 гг. С. Ушаков работал в Серебряной и Золотой палатах (рисунки для знамён, металлических и деревянных изделий). С 1664 г. — жалованный иконописец Оружейной палаты, руководитель иконописной мастерской. Писал иконы, парсуны, миниатюры, фрески и руководил росписями в Архангельском и Успенском соборах (1660), Грановитой палате (1668) в Московском Кремле, чертил географические карты и планы, создавал рисунки для гравёров и сам занимался офортом. В рус. живописи 3-й четверти XVII в. С. Ушаков выступил как художник-реформатор: используя традиционные иконографические схемы, он стремился к светотеневой лепке формы, мягкости переходов, объёмности изображенных ликов, добиваясь впечатления их реальности.