Родился будущий святитель в последней четверти XIV века в Костромской земле, мирское имя его неизвестно. С ранних лет стремясь к иночеству, он в юном возрасте принимает монашество в одном из галичских монастырей, откуда потом переходит в Московский Симонов монастырь.

За подвижническую жизнь и мудрость Иона был избран епископом Рязанским, а затем – митрополитом Всероссийским. Знаменательным было возведение Ионы в митрополичий сан. Константинопольский патриарх, который поставлял русских митрополитов, выбрал болгарина Исидора, принявшего Флорентийскую унию. Но собор русских архиереев и духовенства не признал Исидора и возложил «на плещо Ионе честной омофор и посох великий митрополичий дал в руки его». Это произошло в 1448 г. – с тех пор Русская Церковь обретает независимость (автокефалию) и право полного самоуправления.

Святитель Иона, вступив на митрополию, с пастырской ревностью стал заботиться о духовно-нравственном совершенствовании своей паствы, рассылая учительные грамоты, в которых говорилось и о праведной жизни, и о порядке внутреннего управления государством, и об обличении латинства, и о необходимости держаться православной веры.

Силою своего авторитета он помогал Московскому князю в прекращении феодальных смут и сохранении государственного единства: святитель вразумил мятежного князя Дмитрия Шемяку и помог удержать власть великого князя Василия II Темного.

За свою святую жизнь митрополит Иона получил от Бога дар прозорливости и чудотворений. Так, по его молитве перед чудотворной иконой Божией Матери Владимирской были отведены от Москвы в 1451 г. полчища Ахмата.

Скончался святитель в 1461 г., а в 1547 году Собор Русской Церкви канонизировал митрополита Иону. Ныне его мощи, обретенные нетленными, почивают в Московском Успенском соборе.