Катакомбами Катакомбы Святой Калисты называются подземные ходы и пещеры искусственного (где добывали камень для строительства) и естественного происхождения. Катакомбы (итал. catakomba от лат. catakumba – "подземная гробница") служили у первых христиан местом погребения усопших и частично были вырыты специально для этой цели. Во времена гонения там скрывались от преследования и совершали богослужение. Термин «катакомбы» применялся в древности к находившейся менее чем в 3 км к югу от Рима низине вдоль Аппиевой дороги. Христианское кладбище близ этого места с IV в. называлось Cœmeterium ad Catacumbas, и впоследствии катакомбами стали называть все гробницы такого типа. Христианские катакомбы известны в окрестностях Рима, в Неаполе, на островах Сардиния и Сицилия (Италия), в Александрии (Египет), а также в других областях Средиземноморья. В настоящее время в окрестностях Рима известно более 40 катакомб.

По своему устройству катакомбы представляют сеть переплетающихся коридоров, или галерей, на протяжении которых встречаются более или менее обширные комнаты. Путешествуя по этим коридорам, можно, незаметно для себя, перейти в следующий нижний этаж. Коридоры узки и низки, комнаты же, встречающиеся на пути, различной величины: малые, средние и большие. Первые носят название «кубикул», вторые – «крипт», а третьи – «капелл».

Кубикулы Кубикула Пяти Святых в катакомбах святой Калисты (от слова cubiculum — "постель") являлись погребальными склепами, крипты и капеллы – подземными церквями. Здесь-то во время гонений христиане совершали богослужение. Крипты могли вместить до семидесяти-восьмидесяти молящихся, а капеллы гораздо большее количество — до ста пятидесяти человек. В глубине крипты Крипта в катакомбах святой Калисты (лат. crypta, от греч. κρυπτή – "крытый ход, сокровенное место") находилась полукруглая апсида, отделенная низкой решеткой. В этой апсиде устраивалась гробница мученика, служившая престолом для совершения Святой Евхаристии. Капеллы Капелла в катакомбах Святой Калисты отличались от крипт не только большей величиной, но и внутренним расположением. Крипты состоят большей частью из одного помещения (комнаты), а капеллы имеют их несколько. В криптах нет отдельных алтарей, в капеллах они есть; в криптах женщины и мужчины молились вместе, а в капеллах для женщин было особое помещение. В передней части крипт и капелл пол изредка устраивался выше остальной части подземных церквей. Из описания различных крипт и капелл видно, что те и другие имели форму четырехугольника с продолговатыми выступами, а иногда и с колоннами для поддержания потолка. В стенах устраивались углубления (ниши) для погребения умерших

Самые ранние гробницы, судя по сохранившимся на них именам, располагались на территории частных кладбищ состоятельных римских семей. Две из самых древних, датированные первыми десятилетиями II в., – это катакомбы Домициллы и Присциллы. Катакомба Домициллы представляет собой настоящий лабиринт коридоров длиной в 13 км, которые пересекают друг друга под разными углами и на нескольких уровнях. Протяженность галерей в римских катакомбах, по скромным оценкам, составляет от 100 до 150 км, а возможно, превышает 500 км. В этих галереях и многочисленных соединенных с ними кубикулах насчитывается от 600 до 800 тыс. захоронений. Все помещения вырублены в пористом вулканическом туфе.

Стены катакомб и особенно стены склепов, покрыты тысячами фресковых изображений на сюжеты Ветхого и Нового Завета и бесчисленными надписями – это богатый источник сведений о раннехристианской культуре.