Среди святынь Свято-Данилова монастыря – ковчег с частицами святых мощей благоверного князя Даниила, принадлежавший последнему настоятелю архиепископу Феодору (Поздеевскому). После смерти архиепископа Феодора ковчег попал в США и был возвращен Американской Православной Церковью в 1986 году. Вскоре после открытия  монастырю была передана сохраненная верующими глава преподобного Саввы Сторожевского. В Троицком соборе хранятся чтимые иконы «Троица» XVI в. и «Троеручица» XVII в. Из достопримечательностей здесь могут показать единственную из дошедших до наших дней старинных фресок – изображение князя Даниила, а также духовно-административный центр, Синодальную библиотеку, монастырский музей, крест-хачкар XIII века, подаренный в 1988 году Католикосом всех армян Вазгеном I.

Память о первом московском князе святом Данииле навсегда осталась в нашей столице. В Москве есть Даниловская площадь, улица, набережная, вал, несколько проездов с таким названием; князю Даниилу благодарными потомками поставлен памятник.