После изгнания монахов, с 1930 г. в монастыре обосновались новые «хозяева», которые принялись наводить свой «порядок». Здесь создали детскую пересылочную тюрьму – приемник для беспризорников, в котором было также специальное отделение для «политических» – детей репрессированных родителей. Год спустя колония подняла вопрос о ликвидации Даниловского кладбища. Среди причин было указано и то, что заключенных очень много, им тесно в столовой и приходится обедать на могильных плитах. Ходатайство было удовлетворено, и 31 мая 1931 года специальная комиссия вскрыла захоронения Н. В. Гоголя, супругов Хомяковых, поэта Николая Языкова и музыканта Николая Рубинштейна. Их прах вместе с останками Д. А. Валуева и князей Черкасских перенесли на Новодевичье кладбище, художник В. Г. Перов был перезахоронен на кладбище Донского монастыря. После этого весь некрополь был снесен. Разрушению подверглись и другие части монастырского комплекса: разобрали надвратную колокольню, а звонницу из 16 звучных колоколов продали в Гарвардский университет (США).

Детский приемник занимал территорию монастыря много десятилетий. Известно, что только с 1940 по 1943 год через него прошло свыше 40 тысяч несовершеннолетних. Ни о каком доступе сюда для посторонних, и тем более для верующих, не могло быть и речи. Конечно, в этих условиях охранный надзор за памятниками архитектуры был формальным, они разрушались исправительным учреждением и облюбовавшим часть монастыря заводом холодильного оборудования «Искра». В 1968 году в Исторический музей обратилась делегация из Болгарии, которая искала могилу Ю. И. Венелина, чтобы возложить венок, но так как даже место захоронения затерялось после сноса надгробия, ее никто не дерзнул показать. В 70-х годах из-за халатного отношения рухнула часть старинной стены…