Советские власти с первых же дней своего существования повели наступление на монастырь. В 1918 году его пытались формально упразднить. В 1922 году в ходе кампании по изъятию церковных ценностей из храмов вывезли свыше 32 пудов золота и серебра. В 1923 году Моссовет закрыл храм Симеона Столпника и отдал его под зернохранилище. Насельники не получали продовольственных карточек и были лишены возможности покупать продовольствие. В 1928 году был закрыт Троицкий собор.

Даниловская обитель, благодаря стойкости ее духовных подвижников, стала последней из 1200 закрытых на тогдашней территории СССР монастырей. Специальное постановление о закрытии монастыря было принято в 1929 году. Старшие монахи были арестованы и сосланы в тюрьмы и лагеря. Оставшиеся до 1932 года продолжали служить в храме Воскресения Словущего в Даниловской слободе. Зловещую точку в судьбе многих насельников обители поставил 1937 год. Тогда часть братии была расстреляна на Бутовском полигоне под Москвой, а 23 октября 1937 года в Ивановской тюрьме был расстрелян епископ Феодор (Поздеевский).