Царь Иван Грозный, видя запустение и забвение того места, где почивали мощи князя Даниила, стал сам ежегодно приходить к его могиле, а митрополит с духовенством совершал панихиды и службы об усопшем князе. В 1560 году царь повелел поставить там каменную церковь, восстановить Данилов монастырь на прежнем месте и собрать в него иноков. Столетие спустя, 30 августа 1652 года, были обретены святые мощи князя Даниила и перенесены в соборный храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов в Даниловской обители. С тех пор память князя Даниила совершается дважды в году: 4 (17 н. ст.) марта – в день его кончины, и 30 августа (12 сентября н. ст.) – в день обретения его мощей. В XVII веке обитель была обнесена каменной стеной с башнями и вошла в южную оборонительную линию московских монастырей-крепостей.