Однако  святой напоминал о себе многократными чудесами, исцелениями и своими явлениями разным людям. Так, при Иване III святой Даниил явился боярскому сыну из великокняжеской стражи и сказал: «Если он меня забывает, то мой Бог меня помнит». Узнав об этом, Иван III стал заказывать соборные панихиды, раздавать милостыню и поминать своих почивших предков.

Государь Василий III со свитой проезжал однажды мимо запустевшего Данилова монастыря. Бывший с ним князь Иван Михайлович Шуйский, садясь на коня, хотел наступить на лежавшую перед ним надгробную плиту. Один пожилой крестьянин попросил его не делать этого, так как здесь погребен князь Даниил. Иван Шуйский не обратил внимания на эти слова и со словами: «Мало ли тут князей», поставил ногу в стремя. Внезапно конь встал на дыбы, захрипел и замертво повалился на седока. Князя еле живого вытащили из-под коня. Шуйский раскаялся в своей дерзости и стал просить священников служить панихиды по усопшему князю.

Во дни Ивана Грозного один коломенский купец с сыном плыл по Москве-реке к стольному городу. В дороге юношу постигла внезапная и тяжкая болезнь, спутники уже не надеялись, что он выживет. В это время ладьи остановились у церкви, где покоился князь Даниил. Купец принес своего сына и положил его на надгробие святого, молитвенно прося жизни своему ребенку. Тотчас сын пробудился, как бы от сна, и стал здоровым. Купец с тех пор так уверовал в святого князя Даниила, что каждый год в день исцеления приезжал сюда, заказывал молебны и раздавал милостыню. После этого чуда князя Даниила стали почитать как местночтимого святого.